한국공군지원단 공군 역사상 첫 번째의 해외파병은 1965년 3월, 건설지원단과 함께 베트남에 파병된 연락 및 의전요원 3명(장교2, 병1)이었다. 이어서 1965년 9월 주월 한국군사령부가 창설되자, 사령부 참모장교로 공군장병 18명을 파병했으며, 1966년 7월, 지상군의 전술항공지원을 위해 장병 23명을 추가로 파병했다.
그 후 한국군의 추가파병과 작전의 장기화에 따라 병력의 교대와 환자후송, 공중보급 등 한·베트남간의 장거리 항공수요가 증가했다. 따라서 공군은 1966년 10월 여의도 비행장에서 한·베트남 간 항공수송을 전담할 은마부대를 창설하고 미공군에서 인수한 C-54D 4대로 운항을 시작했다. 이어서 1967년 7월 각급부대에 분산운용하고 있던 공군 지원요원을 통합해 공군지원단을 창설해 주월 한국군사령부 직할부대로 운용하게 됐다.
그 후 공군은 한국군 철수 계획에 따라 1973년 3월, 모두 철수했다.